1835 legen die Orgelbauer Johann Valentin Knauf und Christian Adolph Hoßfeld dem Kirchenvorstand Kostenvoranschläge für eine Orgelreparatur vor. Hoßfeld schreibt, dass er von der Kircheninspektion und dem Gemeinderatsvorstand beauftragt wurde, „das Orgelwerk zu untersuchen“. Ob dieses Orgelwerk aus dem Vorgängerbau der 1752 neu erbauten Kirche übernommen wurde, ist nicht bekannt. Beide Orgelbauer bewerten jedoch den Zustand dieser Orgel, deren Holzpfeifen vom Wurm befallen und deren Metall von Salpeter stark angegriffen war, als „übel“, so „dass auch zu eines Neubaues könnte gerathen werden“.
Der damals amtierende Pfarrer Johann Friedrich Köhler benachrichtigt am 10. Dezember 1835 ein Mitglied des Oberkonsistoriums, „dass die Gemeinde sich zu einem Neubau entschieden hat“. Die Firma Knauf erhält den Auftrag, die neue Orgel zu bauen.
Friedrich Knauf, der Sohn Johann Valentins, baute eine zweimanualige Schleifladenorgel mit 21 Registern, die von früher technischer Experimentierfreude zeugt. Er probiert ein technisches Prinzip aus, das ausgesprochen selten ist – die Ventile werden nicht aufgezogen, sondern durch einen Hebel in der Kanzelle aufgedrückt. Die Orgel ziert ein klassizistischer Prospekt von besonderer Qualität.

Foto Orgelprospekt

Pfarrer Köhler notiert in der Chronik der Kirchgemeinden Bischofroda und Berka vor dem Hainich „1836 wurde in Berka v/H auf Kosten der Gemeinde ein Orgelwerk hergestellt durch den Orgelbauer Knauf aus Großtabarz … und das wohlgelungene Werk am 4 Adv. feyerlich eingeweiht“.
Seit 1929 waren mehrere Reparaturen nötig. In den 90er Jahren des 20. Jahrhunderts war die Orgel, mit bedingt durch extrem heiße Sommer, nur noch begrenzt spielbar. Hohe private Spenden und Kollekten, private und öffentliche Stiftungen und Institutionen, große Aktionen und eine Kunstauktion ermöglichen die Finanzierung einer gründlichen Restaurierung der wertvollen Knauforgel, die von der Orgelbaufirma Schönefeld aus Stadtilm von 2007 bis 2008 ausgeführt wird. Der Orgelprospekt wird in zahlreichen freiwilligen Arbeitsstunden gründlich gereinigt. Am 17. Oktober 2008 feiern wir die Weihe der alten neuen Orgel in einem Festgottesdienst. 1836 und 2008 predigen Pfarrer und Bischof über Psalm 150:

„Halleluja!
Lobt Gott in seinem Heiligtum,
lobt ihn in der Feste seiner Macht!
Lobt ihn für seine Taten,
lobt ihn in seiner großen Herrlichkeit!
Lobt ihn mit Posaunen,
lobt ihn mit Psalter und Harfen!
Lobt ihn mit Pauken und Reigen,
lobt ihn mit Saiten und Pfeifen!
Lobt ihn mit hellen Zimbeln,
lobt ihn mit klingenden Zimbeln!
Alles, was Odem hat, lobe den Herrn!
Halleluja!“